En cierto sentido, este presupuesto se prepara a la inversa porque la línea inferior, es decir, el neto de los gastos de I y D, es lo primero que se decide. Esto representa los límites financieros de la actividad de investigación y surge de discusiones y acuerdos entre el presidente y el vicepresidente de I y D. La preparación del presupuesto implica un procedimiento de cuatro pasos. Primero, el presidente revisa las políticas de la compañía que cubren factores tales como la diversificación de las líneas de productos, la expansión de las líneas actuales de productos y el ingreso de nuevos mercados. También revisa los programas técnicos en vigor y los costos relativos que han sido establecidos para lograr los objetivos definidos por las políticas de la compañía. Segundo, el vicepresidente de I y D evalúa los límites técnicos del grupo de investigación, en cuanto a su habilidad para llevar adelante el trabajo necesario en relación con los proyectos existentes y en relación con la demanda esperada de trabajo adicional. También especifica, pues es de su responsabilidad, la naturaleza y magnitud del esfuerzo de investigación que debe desarrollarse en el presente para salvaguardar la posición futura de la compañía en el mercado. Tercero, se elaboran estimaciones burdas de costos sobre la base de las consideraciones anteriores. Estas se totalizan y comparan con el nivel monetario que desea mantener el presidente y que considera que la compañía puede afrontar.
Posteriormente, el vicepresidente de I y D prepara un presupuesto de transferencia entre divisiones de la misma compañía, que es la parte del presupuesto de gastos de I y D que va a cargarse a las divisiones de mercadotecnia. Las cantidades transferidas son las estimaciones del vicepresidente de I y D sobre las necesidades futuras de las divisiones, en relación con sus programas respectivos.

Hay dos fases distintas en la continuación del proceso de planeación de la investigación que deben completarse antes que los presupuestos puedan considerarse como parte de un sistema de control y planeación. Dichas fases son la programación y selección de proyectos. La programación traduce los objetivos de la compañía en definiciones relativamente precisas de la áreas que deben investigarse y del énfasis que se debe dar a los diferentes tipos de actividad de investigación dentro de cada área. La selección de proyectos implica escoger entre aquellas tareas técnicas que vayan más de acuerdo con las utilidades de la compañía, tanto en una consideración a corto como a largo plazo.

El presupuesto final del programa de I y D de una división representa los límites monetarios de la actividad de I y D por categorías de marca y por tipos de investigación dentro de cada categoría. Para los dos primeros trimestres estos límites se determinan en relación con los proyectos seleccionados y con los calendarios acordados para su terminación. Para los trimestres tercero y cuarto, el límite monetario se basa en los proyectos iniciados previamente y en proyectos de baja prioridad que hayan sido seleccionados para posible trabajo.
Las tres fases básicas del proceso presupuestario, en cuanto a su relación con la función de Iy D. Esencialmente, la fase de preplaneación es la actividad continua de evaluación de proyectos y de revisión general de programas, anuda a una valuación actual de los planes a corto y a largo plazos de la compañía y a las limitaciones de I y D.

La fase de preparación del presupuesto implica la conciliación de los costos estimados de los diversos programas de investigación con el total de gastos proyectados para manejar los laboratorios de I y D.

La fase de control de las operaciones de I y D requiere una conexión oportuna y adecuada entre los progresos técnicos y financieros de la actividad de los proyectos. Esto permite una revisión y una reevaluación de los proyectos como base de las decisiones para continuar o abandonar esfuerzos posteriores y proporciona una oportunidad de introducir nuevos proyectos que se considere que tengan una mayor posibilidad de lograr los objetivos de la compañía